La costruzione della chiesa con l'annesso convento risale agli anni compresi tra il 1324 e il 1328 , quando fu eretta per i Carmelitani provenienti da un convento situato nella cappella di S. Apollinare di Barbacina. Nel corso del XV secolo l'edificio fu dotato di altari e cappelle private ; al 1426 risale il monumentale polittico eseguito da Tommaso Cassai detto Masaccio per l'altare del notaio pisano Colino degli Scarsi e andato smembrato alla fine del Cinquecento. Nel descrivere l'opera Giorgio Vasari (1568) accennava all'affresco di un Santo nella cappella a fianco di quella maggiore ritenendolo di Filippo Lippi. Non è da escludere che esso si nasconda ancor oggi sotto gli scialbi.

 

Il tramezzo è una struttura in muratura o in legno, priva di funzione portante che serve per dividere la parte della chiesa per il pubblico da quella per i religiosi.